Tüp bebek tedavisinde iki yöntem vardır. Bunlardan birincisi Klasik tüp bebek bir diğeri ise mikroenjeksiyondur. Aralarındaki fark laboratuar uygulamalarındaki farklılıklardır. tüp bebek tedavisinde yumurtalıkların hazırlanması her hastada farklılık göstermektedir.hastanın özelliklerine göre farklı ilaç protokolleri uygulamaları seçilir. Uzman ellerdeki bu tarz kişiye özel seçimler başarıdaki en büyük faktördür.

Genelde aşılama ile (intrauterin inseminasyon) mikroenjeksiyon karıştırılmaktadır, oysa ki aşılama rahim boşluğuna spermlerin kateter ve enjektör yardımı ile aktarılmasıdır. Aşılama tüp bebek tedavisine göre kolay bir tedavi yöntemidir fakat başarılı olma oranı tüp bebeğe göre daha düşüktür. Yeterli miktarda spermin olması,kadında tüplern iyi seviyede olması ve yumurtalama günü döngüsünü iyi bir zamanla tamamlaması ile yapılması gerekli bir tedavi şeklidir.

Mikroenjeksiyon tedavi aşamaları şu şekildedir,
Tüp bebek tedavisinde kontrollü bir şekilde kadının yumurtalıklarının uyarılması tedavinin ilk başlangıcıdır. Bu dönem içerisinde hastanın yaşı, kilosu ve yumurta rezervine göre uygulamalar yapılır. Önceki tedavilerde yaklaşık olarak yirmi, yirmibeş gün süren uzun enjeksiyon tedavileri uygulanmaktaydı, son yıllarda ise klinik ortamında yüksek oranda anagoist protokol uygulanmaktadır. Bu uygulama on gün süren enjeksiyonlar sonucunda yumurtaların toplanması aşamasıdır. Aşırı uyarılma sonucunda ortaya çıkan riskin yüksek seviyede oldugu hastalarda polikistik overli hastalar yakından takip edilir. Östrojen seviyeleri kontrol edildikden sonra hazırlık evresi tamamlanır.

İkinci aşamada yer alan işlem yumurtaların toplanmasıdır. Hafif anastezi ilaçları kullanılarak ortalama onbeş dakika ağrısız bir şekilde yumurta toplama işlemi yapılır. Bu işlem çok dikkat isteyen bir evrede yer almaktadır. Cerrahi bir işlem olup, kanama açısından dikkatle yapılması gerekir. Yumurtalara Vaginadan ultrason probu üzerine yerleştirilmiş bir iğne yardımı ile ulaşılır düşük güçlü pompalar ile de folikül denen içi sıvı dolu kistik yapı içindeki yumurta çekilir ve tüpe aktarılarak embryologlara ulaştırılır.

Üçüncü ve en önemli aşamalardan biri olan laboratuar aşamasıdır. Embryolog yumurtaları üç saat kadar dinlendirir, sonra ise yumurtalar temizlenerek klasik tüp bebek yada mikroenjeksiyon yapmak için hazırlanır, ardından her yumurta için kaliteli 50.000-10.000 sperm eklenir. Bu spermlerden rn güçlü olanın doğal yollarla döllenme yapabilmesi için ertesi güne kadar beklenir.

Eğer sperm sayısı az ise yada erkek testislerden cerrahi yöntemler ile elde edilmişse, yumurta sayısında azlık varsa döllenme oranını yüksek seviyede tutmak için mikroenjeksiyon yapılır. Labroratuar ortamında döllenen yumurtalar(embryo) üç ile beş gün arası olan blastosist evresinde izlenerek rahme tutunma yüksek olan seçilerek transfer işlemi için hazırlanır.

Artık embryo transferi zamanı gelmiştir. Transfer aşamasında kadın uyanıktır bu aşamada en rahatsızlık veren idrar torbasının dolu olmasıdır. İdrar torbasının dolu olmasının nedeni ise karın bölgesinin alt kısmında yer alan rahim içi çizgisi ultrasyon aracılıgı ile daha belirgin görüntüleyebilmektir. Böylece rahim iç duvarına hiç deymeden zarar vermeden operasyon amaçlanmaktadır. Uzmanlık isteyen bir bölümdür zira başarılı geçmeyen ve gizlenen transfer sorunları günümüzdeki başarı oranını düşüren önemli etkenlerden biridir.

Rahim duvarına temas olmadan kanama olmaması için dikkatle ilernenilerek bir kateter yardımı ile embriyologun hazırladığı embriyo rahim içinde uygun bir yere bırakılır. Ardından katater temiz mi içinde embriyo kalmışmı mikroskop altında iyice kontrol edilmelidir! Uzman eller onay verdiğinde operasyon bitmiştir.
Hastanede müşahide altında tutulan kadın 1-2 saat ardından evine gider. O gün dinlenilerek geçirilmelidir, ertesi gün normal yaşantıya dönülebilir fakat cinsel peyriz şarttır ve yasaktır.

Sağlıklı olan embryo rahim boşlugunda bir kaç sihirli gün geçirir ardından anne adayı ile ilişkisini başlatır. Rahim içi zarı içinde yuvalanır ve on günün ardından kanda ß HCG hormonu kontrol edilerek gebeliğin oluşuğ oluşmadığı kontrol edilir.